El programa del EMU tiene una duración de 2 años y se estructura en cuatro cuatrimestres o módulos. Los tres primeros hacen referencia a los tres campos de acción de la intervención urbanística: "Proyectar la Ciudad", dedicado al planeamiento, "Proyectar el Lugar", dedicado a la concepción de proyectos urbanos, y "Proyectar el Territorio", dedicado a la ordenación territorial, y el último está dedicado a la elaboración de la Tesina final de Master que consistirá en la elaboración de un proyecto o trabajo de investigación.

Los estudiantes realizaran los dos módulos del primer año en la UPC y el módulo del segundo año en una de las universidades del consorcio para obtener el certificado europeo, complementario a su título, que vendrá firmado por los representantes de cada universidad integrada en el EMU.

Las asignaturas del Master son de cinco tipos diferentes:

Los talleres constituyen el núcleo de la titulación y alrededor de estos talleres se articulan las diferentes asignaturas. Los Talleres abordan ejercicios de análisis y propuestas sobre casos urbanísticos reales y actuales. Los temas propuestos estarán claramente enfocados hacia la intervención urbanística, no sólo en su diseño físico, sino también en su construcción material, y en la dimensión temporal y de gestión de este proceso. Cada uno de los tres módulos temáticos del Master contiene su propio taller, en el que se propone un ejercicio sobre un sector urbano, una estructura o sistema urbano o un ámbito territorial especialmente adecuado para integrar y aplicar las reflexiones planteadas en las asignaturas teóricas del módulo. La asignatura de Taller es el eje vertebrador del módulo y habitualmente se realiza en estrecha colaboración con las diferentes Administraciones correspondientes.

Las asignaturas teóricas exponen discusiones conceptuales y reflexiones sobre la evolución reciente de la ciudad y del territorio, y de las formas de intervención urbanística. Se combina la exposición de doctrinas elaboradas por la historia y por la propia disciplina urbanística, con la exposición de cuestiones más actuales.

Las asignaturas metodológicas están dirigidas a asegurar el dominio de la aplicación de una técnica o instrumento, ya fomentar una cierta discusión teórica del mismo.

Los seminarios tratan de tópicos de actualidad, y por tanto coyunturales, pero con una trascendencia más allá del local y concreto que invita a la reflexión teórica.

Los cursos de especialización son asignaturas en las que prima el valor de aplicación. Abordan, entre otras, cuestiones prácticas como la ordenación del suelo, la administración de urbanismo, las infraestructuras y el transporte, los servicios y los procesos urbanización, la gestión medioambiental.

Finalmente, el cuarto y último módulo del programa, consiste en la realización de un proyecto o trabajo de investigación, en el que se integren, se apliquen y desarrollen los conocimientos, habilidades y actitudes adquiridos durante el periodo de docencia del Master . El trabajo estará dirigido por uno o dos tutores. El primero debe ser de la universidad de acogida y el segundo, de otra universidad del consorcio de la EMU. La tarea del tutor es llevar a cabo un seguimiento continuado del trabajo realizado por el alumno para la elaboración, presentación escrita y defensa oral de la tesina.